全剧采用了1997年、1998年和2016年三条时间线,从1997年风华正茂的年代讲起,彼时王响(范伟饰)是意气风发的桦钢火车司机,龚彪(秦昊饰)是刚刚分到桦钢厂办的大学生,马德胜(陈明昊饰)是英姿飒爽的刑警队长。当时间线转至18年后,王响失去妻儿、困于悬案,马德胜在老年舞里寻找存在感,而龚彪早已大腹便便,成了一个油腻的中年人。18年前的凶案如何改变了一群人的人生,随着倒叙的时间线展开,得以娓娓道来。《蜘蛛侠:纵横宇宙》制作人Chris Miller透露他们为《蜘蛛侠:超越宇宙》预留了多个“蜘蛛侠”,“你们以为在《纵横宇宙》中看到了每个你能想象的蜘蛛侠,但不是我们想象的每个蜘蛛侠。”